Για τους λέβητες πέλλετ ισχύει ό,τι και για όλους τους άλλους τύπους λεβήτων. Έτσι και οι καυστήρες πέλλετ πρέπει να συντηρούνται και να ελέγχονται για καλή λειτουργία μία φορά το χρόνο με το τέλος της περιόδου θερμάνσεως από εξειδικευμένο συνεργείο. Η συντήρηση καυστήρα πέλλετ/βιομάζας περιλαμβάνει:

•  καθαρισμό του χώρου καύσης (σχαράκι)
• καθαρισμό και έλεγχο φωτοαισθητήρα φλόγας
• έλεγχο μοτέρ αέρα
• έλεγχο ηλεκτρικής αντίστασης
• έλεγχο μοτέρ εσωτερικού κοχλία
• έλεγχο λειτουργίας ασφαλιστικού θερμοκρασίας

Διευκρινίζεται ότι η συντήρηση του καυστήρα δεν έχει καμία σχέση με τον καθαρισμό του λέβητα πέλλετ. Ο καθαρισμός εξαρτάται από τις προδιαγραφές και τα τεχνικά χαρακτηριστικά του κάθε λέβητα. Όσο πιo εξελιγμένος είναι ένας λέβητας πέλλετ, τόσο πιo καλή καύση κάνει και κατά συνέπεια χρειάζεται καθαρισμό πιo αργά.